únie a zmene organizačnej štruktúry colných orgánov totiž colné úrady nebudú potrebovať súčasný počet nehnuteľností na hraniciach ani vo vnútrozemí. Podľa prepočtov Ministerstva financií SR (MF) by po vstupe do EÚ mali colné úrady spravovať budovy v účtovnej hodnote 3,4 mld. Sk a pozemky za 146 mil. Sk. V súčasnosti hodnota budov využívaných colníkmi presahuje 5 mld. Sk a pozemkov 216 mil. Sk. Ako sa bude vyvíjať hodnota hnuteľností colnej správy vrátane softvéru, ktorá je v súčasnosti 2,1 mld. Sk, zatiaľ rezort financií nevie odhadnúť.
Niektoré objekty na štátnych hraniciach užívajú colné orgány spolu s orgánmi ministerstva vnútra a s orgánmi susedných štátov na základe medzinárodných zmlúv. Po vstupe do EÚ preto bude podľa rezortu financií potrebné postupovať podľa vopred pripraveného harmonogramu ďalšieho využitia týchto nehnuteľností. Ak ministerstvo vnútra neprevezme do svojej správy vyčlenený majetok a majetok sa stane prebytočným, navrhuje MF postupovať podľa zákona o správe majetku štátu. Vzhľadom na skutočnosť, že SR bude mať vonkajšiu hranicu únie len s Ukrajinou bude podľa MF potrebné prehodnotiť aj doterajšiu gesciu colných orgánov v oblasti výstavby cestných hraničných priechodov.
Vstupom Slovenska do EÚ sa zrušia colné kontroly na budúcej vnútornej hranici únie a zaťaženie colnej správy pri vykonávaní colného dohľadu sa výrazne zníži. Tovar, ktorý je predmetom súčasného zahraničného obchodu medzi SR a členskými štátmi EÚ a kandidátskymi krajinami, totiž nebude po vstupe do únie podliehať colnému dohľadu. Colné orgány sa potom sústredia najmä na ochranu vnútorného trhu, správu ciel a daní pri dovoze tovaru z tretích krajín, boj proti colným podvodom, drogám, nebezpečným materiálom alebo zabezpečovanie úloh súvisiacich s bojom proti medzinárodnému terorizmu.