Do prijatej novely sa v parlamente dostalo niekoľko pozmeňujúcich návrhov. Najdôležitejšie pozmeňujúce návrhy sa týkali asignovanej dane a paušálnych výdavkov pre remeselníkov. V budúcom roku bude zachovaná možnosť asignácie dane v súčasnej výške 2 % pre fyzické (FO) aj právnické osoby (PO), ale iba na presne vymedzený okruh činností mimovládneho sektora. Minimálna suma, ktorú budú môcť FO poukázať, sa má oproti vládnemu návrhu znížiť z 250 na 100 Sk. V doteraz platnej úprave pritom bola minimálnou poukazovanou sumou 20 Sk. Pre PO sa má zasa zaviesť limit celkovej výšky asignovanej dane poukázanej jedným subjektom maximálne na 1 milión Sk.
V hlasovaní prešiel pozmeňujúci návrh poslankyne za ĽS-HZDS Zdenky Kramplovej, ktorá navrhla, aby sa podiel zaplatenej asignačnej dane použil iba na ochranu a podporu zdravia, prevenciu, liečbu, resocializáciu drogovo závislých v oblasti zdravotníctva a sociálnych služieb; podporu športu detí, mládeže a občanov zdravotne postihnutých; poskytovanie sociálnej pomoci a zachovanie kultúrnych hodnôt.
Systém asignácie dane má pritom fungovať iba do konca budúceho roka. Od roku 2008 sa má zaviesť možnosť odpočítať si od základu dane hodnotu peňažných darov na vymedzené činnosti mimovládneho sektora do výšky maximálne 1 % z daňového základu. Minimálna hodnota tohto daru pritom má predstavovať 500 Sk pre FO a 2 000 Sk pre PO.
V budúcom roku zostanú ponechané 60-% paušálne výdavky pre remeselníkov tak, ako to bolo doteraz. Pôvodný vládny návrh pritom počítal so zjednotením paušálnych výdavkov pre všetkých živnostníkov na úrovni 40 %.
Poslanci v pléne prijali aj pozmeňovací návrh poslankyne SDKÚ-DS Ivety Radičovej na spoločné zdaňovanie manželov v nízkopríjmových rodinách. Manželia si v rodinách, v ktorých je jeden z príjmov nižší ako 8 795 Sk mesačne, môžu spoločne uplatniť odpočítateľné položky zo základu dane v plnej výške. Zámerom tejto úpravy je zvýšiť čistý príjem nízkopríjmových rodín.
Schválená novela obsahuje také legislatívne zmeny v zdaňovaní príjmov fyzických osôb (FO) a právnických osôb (PO), ktorými sa predpokladá celkové zvýšenie príjmov štátneho rozpočtu. Do platnosti by mal vstúpiť 1. januára 2007.
U FO sa bude postupne znižovať nezdaniteľná časť základu dane na daňovníka, ktorá je stanovená v sume 19,2-násobku životného minima. Touto zmenou sa postupne znižuje nezdaniteľná časť základu dane daňovníka u tých subjektov, ktoré dosahujú základ dane vyšší, ako je 100-násobok životného minima platného k 1. januáru bežného zdaňovacieho obdobia. Podobne sa postupne znižuje aj výška nezdaniteľnej časti základu dane na manželku (manžela), ktorá žije s daňovníkom v domácnosti.
