Rezort dopravy navrhuje úplný presun spomínaných právomocí na kraje až v roku 2011. V prechodnom období v rokoch 2009 a 2010 by mali samosprávne kraje vykonávať prenesený výkon štátnej správy v regionálnej železničnej doprave. Vyplýva to z návrhu rezortu dopravy na postupný presun regionálnej železničnej dopravy do pôsobností vyšších územných celkov.
Zástupcovia krajov svoj nesúhlas s pôvodným návrhom zdôvodnili na základe schváleného štátneho rozpočtu na rok 2008. Samosprávne kraje by mali od roku 2011 nielen objednávať výkony v železničnej doprave, ale aj zabezpečovať financovanie výkonov regionálnych vlakov zo zvýšeného výnosu z dane z príjmu územnej samosprávy. O materiáli rezortu dopravy bude neskôr rokovať aj vláda. Presun kompetencií v regionálnej železničnej doprave na kraje má umožniť zefektívnenie ich dopravnej obslužnosti a potenciálne aj zníženie prostriedkov na úhradu strát z výkonov vo verejnom záujme zabezpečením harmonizácie a optimalizácie verejnej železničnej a autobusovej dopravy.
Fixné náklady za použitie železničnej dopravnej cesty by hradil štát priamo manažérovi infraštruktúry, čo by malo znížiť poplatky za jej používanie. Kvôli prechodnému obdobiu v rokoch 2009 a 2010 má ministerstvo dopravy v roku 2008 zabezpečiť úpravu potrebnej legislatívy. Podľa rezortu dopravy bolo chybou, že na samosprávne kraje prešli kompetencie iba v autobusovej doprave bez železničnej dopravy. Celý návrh presunu kompetencií na samosprávne kraje pritom vychádza zo súčasného objemu dopravných výkonov v rozsahu okolo 32 mil. vlakových kilometrov (vlkm) a úhrady straty z výkonov vo verejnom záujme vo výške 5,4 mld. Sk. Regionálnych vlakov sa z toho týka zhruba 10 mil. vlkm s približnou výškou úhrady straty 1,673 mld. Sk podľa stavu v roku 2006. Táto strata v prvom polroku 2007 dosiahla 972,2 mil. Sk a jej plánovaný objem v rokoch 2008 až 2010 predstavuje 2,050 mld. Sk pri zachovaní doterajšieho rozsahu dopravných výkonov.
Ministerstvo dopravy a kraje zároveň dohodli harmonogram začatia postupnej harmonizácie spojení autobusovej a železničnej osobnej dopravy v samosprávnych krajoch s tým, že Železničná spoločnosť Slovensko (ZSSK Slovensko) poskytne krajom do 10. januára 2008 údaje o vlakoch spadajúcich do ich územného obvodu, prípadne aj s ponúkanou kapacitou. Kraje na základe týchto údajov stanovia spoje, ktoré sú súbežné so železnicou, a spolu s cestovnými poriadkami autobusovej dopravy za svoj územný obvod ich predložia ZSSK Slovensko do konca januára 2008. V máji budúceho roka by mal byť pripravený návrh harmonizácie a optimalizácie verejnej dopravy, vrátane prípadnej potreby rušenia niektorých vlakových spojov alebo autobusových liniek, či ich časového presunu.
